水质净化对水生植物至关重要，种植荷花需要有好的水源，有利于荷花的生长。
我国利用水生植物净化水质的研究始于20世纪70年代中期，包括静态条件下单一物种和多种培养物对高污染物浓度污水的净化效果，以及利用动态方法对水生植物对污水处理效果的研究。
近30年来，对东湖、巢湖、滇池、太湖、洪湖、鲍莉湖、鸭绿湖和白洋淀等浅水湖泊富营养化控制和湿地生态系统修复的大量研究已经证明水生植物能够吸收和富集水中的营养物质和其他元素。
可以增加水体中的氧含量，或者抑制有害藻类的繁殖能力，防止营养盐从底泥重新释放到水中，有利于水体的生物平衡等。
水生高等植物能有效净化富营养化湖水，提高水体自净能力，也是人工湿地系统发挥净化作用的基本要素之一。
一些水生植物，如水葱、风信子、香蒲等。具有很高的观赏价值，还可以同时处理污水，是观赏价值和污水处理研究的关键选择材料。
通过培养水生植物来净化水质是许多水生植物，特别是水生维管束植物，能够吸收大量营养或将转化有毒有害物质降解为无毒物质的特性。
在废水或受污染的天然水体中培育大量抗污染和净化能力强的水生高等植物，分解水中的转化污染物或通过自身的生活活动将其富集到体内，恢复水体中的营养平衡;
它们一起通过水生植物的光合作用释放氧气，增加水中的溶解氧含量，然后改善水质以减少或消除水污染。
净化池中水生植物生长旺盛，根系发达，与水体接触面积大，形成密集的过滤层。
例如香蒲，其地下茎和根形成纵横交错的地下茎网络，当水流缓慢时，重金属和悬浮颗粒被堵塞沉淀，从而防止重金属和悬浮颗粒随水流失，并在表面一起进行离子交换、整合、吸附和积累等。
不溶性胶体被根系吸附，凝聚的细菌胶体沉淀悬浮的有机物和新产品。生物化学在植物净化污水的过程中也起着重要的作用。
在这一领域已经有许多研究。光合作用产生的O2和大气中的O2被直接输送到整个植物并分散到水中。一方面，根系通过释放O2氧化和分解根系周围的沉积物。
另一方面，水体底部和基质土壤形成许多厌氧和好氧群落，为微生物活动创造条件，然后形成“根际区”。
